Las principales localidades del municipio se ubican al oriente de la cabecera municipal, pero dentro de lo que es el pueblo de Santo Tomás, se encuentra las comunidades de Loma Bonita y las fincas que se ubican al sur del centro de la población. El Rincón Chico, Rincón Vivero, El Frontón e Ixtapantongo. En esta comunidad destacamos que se encuentra la planta hidroeléctrica del Sistema Miguel Alemán que como se mencionó anteriormente es la primera planta construida en el país.
El resto de las comunidades se localizan al Noroeste y Sudoeste del municipio en donde se encuentran las delegaciones de Salitre Terreros, Salitre de la Cal, Potrero de Arriba, Poblado Santo Tomás (El Puerto), El Jocoyol y Ojo de Agua entre otros. Teniendo como principales actividades económicas la agricultura y la ganadería. Rincón Chico tiene como principal actividad económica la panadería.
Presidente Municipal
1 Síndico
6 regidores de mayoría relativa
4 regidores de representación proporcional
Principales Comisiones del Ayuntamiento
| RESPONSABLE | COMISIÓN |
| Presidente Municipal | Seguridad Pública |
| Primer Regidor | Cultura, Turismo y Proyectos Productivos |
| Segundo Regidor | Agua Potable y Saneamiento |
| Tercer Regidor | Educación y Salud |
| Cuarto Regidor | Agropecuario y Forestal |
| Quinto Regidor | Obras Públicas y mejoramiento de la Vivienda |
| Sexto Regidor | Alumbrado Público y Deporte |
| Séptimo Regidor | Limpieza |
| Octavo Regidor | Drenaje y Alcantarillado |
| Noveno Regidor | Mercados, Jardines y Protección Civil |
| Décimo Regidor | Panteones |
El municipio de Santo Tomás de los Plátanos cuenta con 27 delegados municipales y 2 subdelegados que son elegidos a propuesta de los habitantes de cada una de las comunidades, quienes en asamblea celebrada antes del día 5 de febrero del primer año de gestión de un nuevo ayuntamiento reciben su nombramiento. El tiempo de su gestión es de tres años, teniendo como principales funciones auxiliar, gestionar, informar y desarrollar programas de apoyo encaminadas al desarrollo social, educativo, cultural y económico de las localidades a su cargo.
El municipio de Santo Tomás pertenece al XXIII Distrito Federal Electoral con cabecera en Valle de Bravo.
Es cabecera del XII Distrito Electoral Local, al que pertenecen los municipios de: Villa de Allende, Donato Guerra, Ixtapan del Oro, Zacazonapan y Otozoloapan.