900 al 1300 d.C.
Fueron pintadas las famosas pinturas rupestres de Ixtapantongo o Mateo A. Saldaña como han sido nombradas.
1870
Probablemente fue declarado el territorio de Santo Tomás, como un municipio más del Estado de México.
1937
Es declarada la ley seca en todo el municipio. El 14 de Octubre de 1956, se traslada el pueblo de Santo Tomás, a su nueva ubicación.